O objetivo da medicina ortomolecular é restabelecer o equilíbrio químico do organismo. Este acerto das moléculas se dá através do uso de substâncias e elementos naturais, sejam vitaminas, minerais, oligoelementos e aminoácidos, que serão pesquisados em nível celular, com resultados imediatos e precisos dos déficits (faltas) ou intoxicações (excessos) de quaisquer destes elementos. Há, ainda, a pesquisa de alergias alimentares de quaisquer destas substâncias ou alimentos.

O metabolismo celular é medido através de um exame que mede a massa gorda (porcentagem em gordura), massa magra (porcentagem de músculos e ossos) e massa em água (retenção hídrica), além do metabolismo calórico diário (a partir de quantas calorias se engorda ao dia) e a resistência ao emagrecimento. Isto vai proporcionar um reequilibrio bioquímico combatendo os radicais livres, restabelecendo a saúde, rejuvenescendo a pele e acabando com o stress físico e psíquico.